无害化处理设备消毒工作可不包含罐内，因为罐内工作的时候是一种高温的环境，本身病菌就进行了杀灭所以不需要再进行额外的消毒，当然也要平日里做好相应的清洁工作，注重消毒的地方在无害化处理的罐门处、还有着相应的运输方面，对于物料车等也要做好相应的消毒工作，除此之外对受水淹圈舍、食槽、畜禽用具、运输工具，要进行全面彻底消毒，实际使用的时候每隔一段时间就应该做一次全面的消毒工作，而对于运输车以及相应的暂存点等要经常的进行消毒。

注意暂存场要防水、防渗、防鼠、防盗，易于清洗和消毒，暂存场所应设置明显警示标识不允许非专门的人员进入，应定期对暂存场所及周边环境进行清洗消毒避免其中的病菌进行传播出去，车辆驶离暂存、养殖等场所前，应对车轮及车厢外部进行消毒，运载车辆上应该有着相应的标示禁止无关人员靠近，在进行运输的时候也应当选择人流量少的道路尽量避免进入人口密集区，当高温导热油流经管道时，释放热量，加热介质水，产生饱和蒸汽，从而实现外部供气的目的。

土壤被覆盖后，消毒液被喷洒在掩埋区域周围，焚烧处理，焚烧处理一般用于畜牧业（如猪、牛、羊等），这种方法比较适合于规模化养殖场等企业处理死畜，对于附近没有垃圾焚烧厂的农场或小农户，可自行建造小型焚烧炉，用沼气、木柴等生态燃料焚烧死畜，但应安装炉盖和废气管道，并在排气口安装简易喷淋装置，以净化废气，此外，焚烧炉应建在远离水源和居民区的空地上，并建在居民区的背风面上，禽畜无害化处理设备按我国锅炉压力容器标准制造，具有良好的耐腐蚀和承压性能。