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水和沉积物中含有大量的钙离子，碱度较高的池塘不宜施用生石灰，因为如果再次施用生石灰，磷酸盐沉淀越固定越完整，会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生植物的生长。藻类丰富、pH值高的水，生石灰往往会引起碱中毒或大量藻类死亡，导致水质恶化、鱼蟹虾死亡等。需要注意的是，蓝藻爆发的水体不宜使用生石灰。蓝藻爆发水体的pH值偏高(碱性)，因为生石灰的应用会促使蓝藻疯狂生长。使用生石灰后，水中的磷酸盐沉淀越多越固定，越完全会降低水中有效磷的浓度，造成水体缺磷，影响甚至限制水生(浮)植物的生长，可能造成养鱼产量低。当老化的水和水体老化(发臭)时，水中往往会有大量的氨氮物质。当生石灰使用后pH值升高时，会引起分子态氮迅速增加，有害性可能是原来的几百倍，容易导致鱼类氨中du。臭水往往含有大量的氨氮。使用生石灰后，pH值迅速上升，会导致分子态氮迅速上升，毒性是原来的几百倍，引起氨中du。
干法清整生石灰清塘可分干法清整和带水清整两种方法。通常都是使用于法，在水源不方便或无法排干水的稻田时才用带水法。在虾种放养前20 - 30天，排干池水，保留水深5厘米左右，并不是要把水完全排干，在沟底四周和中间多选几个点，挖成一个个小坑，小坑的面积约2平方米即可，将生石灰倒入小坑内，用量为每亩稻田(如果田面不清整消毒时，只计算田间沟的面积就可以了)用生石灰40千克左右，加水后生石灰会立即融化成石灰浆水，同时会放出大量的烟气并发出咕嘟咕嘟的声音，这时要趁热向四周均匀泼洒，边缘和沟的中心及洞穴都要洒到。为了提高消毒效果，第二天可用铁耙再将沟底淤泥耙动一下，使石灰浆和淤泥充分混合，否则泥鳅、乌鳢和黄鳝钻入泥中杀不死。然后再经3-5天晒塘后，灌入新水，经试水确认无毒后，就可以投放虾种。
巧用生石灰 对于水产养殖者来说，生石灰是个好东西，来源广、效果好，而且功能也很强大，我们在养殖时一定要好好利用生石灰。可用作水质调节剂。如果小龙虾养殖的稻田 水质易呈酸性、老化时，可用浓度为15 - 20毫克/升的生石灰液全池泼洒，能够调节水质，改善水体养殖环境。另外，定期在养虾的稻田里泼洒生石灰，可有效增加水体的钙含量，有利于小龙虾壳质的形成，促进蜕壳的顺利进行。可用作防霉剂。部分用于水产养殖的饲料，特别是用秸秆类制作的饲料，存放一定时间会发生霉变，若在饲料中加入一定量的生石灰，使其处于碱性条件下，可抑制和杀死微生物，从而起到一定的防霉保鲜作用。可用作稻田涵洞的填料剂。在稻田加高加固田埂中埋入注水管道、排水管道时，用生石灰作为填料堵塞管道周围的缝隙，既可以填充缝隙，又能防止黄鳝、蛇、鼠等顺着管道打洞，效果较好。可用作消毒剂。